La conquista Aragonesa marca el inicio de una nueva etapa en la historia del archipiélago balear. La anterior sociedad islámica desaparece prácticamente de golpe en 1229 y en su lugar se establece una nueva sociedad que poco o nada tiene que ver con la anterior. Nuevas gentes, una cultura diferente, otra religión, una lengua distinta... todo ello caracteriza el acontecer de las islas a partir del corte histórico que significó su incorporación al mundo feudal cristiano.
La empresa militar fue el resultado de la convergencia de distintos intereses por hacerse con el control del archipiélago. Por una parte, el antiguo el interés de los condes de Barcelona por incrementar sus dominios a costa de un territorio estratégico cercano. Y, en el caso de Jaime I, de hallar una salida a las tensiones entre la monarquía y la nobleza (y, a su vez, en el seno de esta última) a base de encaminar la tradicional beligerancia feudal hacia una guerra externa. Por otra parte, el afán de la gran nobleza catalana por incrementar sus dominios y, en algunos casos, sanear su economía. Y, en tercer lugar, el interés de los mercaderes catalanes y occitanos (sobre todo los de Barcelona, Marsella y Montpellier) por disponer de un enclave estratégico y, al mismo tiempo, eliminar la amenaza pirática que siempre representaba el corsarismo musulmán isleño. Todo ello sin olvidar que para todos estos grupos la posesión de las Baleares significaba disponer de una base de gran importancia para el dominio del Mediterráneo occidental.
La campaña militar se desarrolló entre el 5 de septiembre, fecha de la salida de la flota desde los puertos catalanes, hasta el 31 de diciembre, cuando fue tomada por asalto la ciudad de Mallorca. Se trató de una empresa violenta, llevada a cabo sin pactos ni negociaciones, que se saldó con un número indeterminado pero muy elevado de víctimas. Por ello la población indígena superviviente, una vez vencida, no dispuso de ningún derecho: fue masivamente esclavizada y, en buena parte, cristianizada. La consecuencia fue su extinción, bien porque todo esto impidió su autoregeneración o bien porque muchos musulmanes dejaron de serlo al convertirse en cristianos. En suma, durante las décadas posteriores a la conquista el Islam insular desapareció de manera absoluta.
A lo largo de los años siguientes los vencedores completaron la conquista del interior de Mallorca (1230-1232), pactaron la sumisión de Menorca (1231), hasta su conquista definitiva en 1287, y ocuparon Ibiza (1235). Y, por otra parte, reorganizaron la nueva sociedad. La monarquía y los señores feudales que habían financiado la campaña se repartieron el dominio de la isla, se crearon las primeras instituciones, se promulgó la Carta de Franquezas (un primer ordenamiento jurídico del reino), se establecieron unos incipientes núcleos de población en el interior de Mallorca, con el establecimiento de las primeras parroquias, y, en definitiva, se consolidó la nueva realidad.
El pilar fundamental de todo ello fue la colonización cristiana (a menudo denominada repoblación) del territorio, con colonos llegados de fuera que llenaron el vacío demográfico provocado por los efectos de la conquista. La gran mayoría de los pobladores procedían de Cataluña, en unos porcentajes que llegan al 80% en la ciudad y en la parte foránea alcanzan en muchos casos el 90%, cuando no lo sobrepasan. A mucha distancia figuran los grupos de procedencia aragonesa, inferior al 10%, y occitana (9% en la ciudad y casi inexistente en el interior), mientras que otros contingentes (italianos, castellanos, navarros, etc.) son testimoniales. Esta llegada de personas de fuera fue constante durante más de un siglo, hasta que la peste negra de 1348-49 frenó en seco las migraciones, manteniendo siempre una clara preponderancia los colonos de origen catalán. También cabe señalar la existencia de otra comunidad que no dejó de crecer, sobre todo en la ciudad, durante los siglos XIII-XIV: la judía. Su máximo apogeo (demográfico, económico y cultural) se alcanzó durante la segunda mitad del siglo XIV, hasta que el asalto violento a la comunidad, perpetrado en 1391, inició su declive, consumado con la conversión masiva e inducida de 1435.
La muerte de Jaime I en el año 1276 acarreó un cambio de orden político importante: la formación de la Corona de Mallorca. La voluntad, en gran parte arbitraria, del rey quiso que una parte de sus dominios (las Baleares, el Rosellón y Montpellier) fuese desgajada del resto (la Corona de Aragón) y se constituyese como una corona propia. Su primer monarca fue Jaime II (1276-1311), cuyo reinado tiene dos etapas muy marcadas, separadas por un período transitorio de ocupación catalano-aragonesa de las islas (1285-1298).
La primera etapa (1276-1285) se caracteriza por el alto grado de tensión entre las coronas de Mallorca y Aragón, fruto de la voluntad del monarca de esta última (Pedro el Grande, hermano de Jaime II) por mantener un cierto control sobre la corona mallorquina y la oposición de Jaime II a sus deseos. Ello culminó con el apoyo que prestó Jaime II al rey de Francia cuando en 1285 invadió Cataluña, lo cual comportó la ocupación por parte de la Corona de Aragón de Mallorca e Ibiza como represalia. Menorca, que todavía estaba en poder musulmán, fue también conquistada dos años después, en 1287.
Finalmente, Jaime II pudo recuperar el archipiélago, con el añadido de Menorca, en 1298, tras llegar a un acuerdo con su homónimo (y sobrino) Jaime II de la Corona Catalano-aragonesa. En esta su segunda fase de gobierno, el rey de Mallorca llevó a cabo una serie de medidas de gobierno importantes: estimuló la industria manufacturera y textil, reguló el orden de prelación de los diferentes corpus jurídicos en vigor en la isla (privilegios y franquezas, Usatges de Cataluña y derecho civil romano, por este orden), adquirió dominios señoriales, etc. Con todo, sus creaciones más conocidas son las que se refieren a las «Ordinacions» de 1300 y a las obras de carácter arquitectónico.
Las Ordinacions fueron una iniciativa encaminada a crear, en algún caso, o consolidar, en la mayor parte, una serie de núcleos de población en la parte foránea, fundamentalmente en los dominios reales del interior de la isla, que eran los más extensos pero los de menor población. Se trataba de regular el crecimiento futuro de estos pueblos, con la finalidad de atraer nuevos pobladores. Los núcleos afectados más importantes fueron: Manacor, Felanitx, Santanyí, Campos, Llucmajor, Montuïri, Sant Joan, Petra y Huialfàs (Sa Pobla). Otros no se sabe si son fruto de su aplicación o si se llegaron a fundar.
En cuanto a la cuestión arquitectónica, cabe mencionar la remodelación integral de la Almudaina, la construcción de las casas-palacio de Valldemossa, Sineu y Manacor, la edificación de nueva planta del castillo de Bellver y el inicio del recinto amurallado de Alcudia y del castillo de Capdepera.
Como puede observarse, esta segunda etapa, en comparación con la primera, es mucho más tranquila. Ello favoreció sobre todo la expansión mercantil a través del Mediterráneo, circunstancia que caracteriza el reinado del segundo de los reyes de Mallorca, Sancho I (1311-1324). A partir de este momento y durante las décadas siguientes las embarcaciones mallorquinas cruzan todo el Mediterráneo y llegan hasta Flandes e Inglaterra.
Por lo que respecta a la política interior, Sancho llevó a cabo diversas iniciativas importantes. En 1312 concedió una bandera a la ciudad (y no se sabe con certeza si también al reino) de Mallorca. En 1315 promulgó una sentencia arbitral que regulaba la intervención de la parte foránea en el gobierno insular, hecho que permitió la creación del Sindicato Foráneo. En 1323 firmó un Pariage con el obispo de Barcelona, señor feudal del poniente mallorquín, según el cual ambos poderes -el real y el episcopal- se repartieron la jurisdicción señorial sobre este territorio. Cabe decir que este convenio se mantuvo vigente hasta el año 1811, cuando las Cortes de Cádiz abolieron esta clase de señoríos.
A su muerte, la corona pasó a manos de su sobrino Jaime III, pues Sancho no tuvo hijos legítimos. No obstante hasta 1330 asistimos a una regencia, dado que Jaime III era menor de edad. El regente fue el infante Felipe, franciscano, hermano de Sancho. Al hacerse cargo del gobierno, tras unos primeros años de relativa tranquilidad, a partir de 1336 se inicia una etapa de relaciones difíciles entre la Corona de Mallorca y la Corona de Aragón, con la cuestión de fondo del grado de control que ejercía esta segunda sobre la primera. Además, Jaime III llevó a cabo algunos cambios difíciles de entender en materia de política exterior, como la ruptura de la tradicional alianza de los reyes de Mallorca con Francia, cosa que le dejó sin contrapeso ante el poder del monarca catalano-aragonés, Pedro el Ceremonioso. Y, por otra parte, Jaime III se granjeó la oposición de una buena parte de la población, debido a una creciente presión fiscal, a su carácter cruel y despótico y a la fama de mal gobernante que fue adquiriendo.
Esta situación fue aprovechada por Pedro el Ceremonioso que, bajo la acusación del incumplimiento por parte de Jaime III de ciertos deberes para con él (incumplimiento, aunque convenientemente exagerado, por lo demás, cierto), inició un proceso legal contra él, que acabó con una sentencia confiscatoria de sus dominios. El resultado final fue una guerra abierta entre ambos en la cual Jaime III, obviamente, llevó las de perder. Así, en mayo de 1343 el Ceremonioso ocupó el reino de Mallorca y entre 1343-1344 el Rosellón. Jaime III, acuciado por la situación, vendió todos sus derechos señoriales sobre Montpellier al rey de Francia en 1349, con el objetivo de recuperar Mallorca. En octubre de este año desembarcó en la isla con un ejército de mercenarios que fue fácilmente vencido por las tropas de Pedro el Ceremonioso cerca de Llucmajor, sin haber obtenido ningún apoyo popular a su causa. La batalla tuvo lugar el 25 de dicho mes y en ella Jaime III no sólo perdió la corona sino la vida.
Un hijo suyo, Jaime (IV) permaneció encarcelado durante una buena parte de su vida, antes de escaparse y dedicar el resto de sus días a luchar contra Pedro el Ceremonioso. Murió y fue enterrado en Soria.
Mientras tanto, la coyuntura económica experimentó cambios y un período de recesión que, combinado con diversas guerras (Cerdeña, Génova, Castilla), provocaron el endeudamiento público y una fuerte crisis durante la segunda mitad del siglo XIV. El asalto contra la judería (el «Call») de la ciudad en 1391 fue uno de sus exponentes más significativos.